Linux


HPC and IBM and Linux and Supercomputing and portuguese19 Nov 2008 09:34 am

Novembro chegou, e com ele a SC Conference, a maior conferência internacional para computação de alto desempenho (HPC), redes, storage e análise. Como é de costume nessa conferência, mais uma lista dos 500 mais poderosos supercomputadores, a TOP500, foi lançada e nela mais uma vez o Roadrunner da IBM ficou em primeiro lugar.

O interessante dessa nova lista foram as outras posições, entre a segunda e a décima, dessa vez dominada pela Cray Inc. Diferentemente da última lista (comentada por mim aqui), onde a IBM tinha cinco dos Top10, dessa vez a Cray Inc. tem quatro delas: #2 - Jaguar XT5, #7 - Franklin, #8 Jaguar XT4 e #9 - Red Storm. As outras posições foram: #3 - Pleiades (SGI), #4 - BlueGene/L (IBM), #5 - BlueGene/P (IBM), #6 - Ranger (Sun Microsystems) e #10 - Dawning 5000A (Dawning).

O Brasil tem dois representantes nesta lista. O melhor colocado é um Dell PowerEdge Cluster, chamado de Netuno, do Núcleo de Computação Eletrônica da UFRJ que ficou na posição #306, e o seguinte, que ficou na posição #363, é um IBM xSeries x3550 Cluster Xeon quad core HT da PGS.

Outro dado interessante é o contínuo crescimento do número de sistemas utilizando Linux. Nesta lista, foram 439 sistemas (acrescimo de 12 com relação a lista anterior) com sistema operacional da família Linux. É o pinguin dominando o mercado :-D

Cell and IBM and LTC and LinkedIn and Linux and english27 Oct 2008 01:42 pm

Last Friday, October 24th, IBM released the IBM SDK for Multicore Acceleration Version 3.1 (a.k.a Cell SDK 3.1) with support to two different Linux® distributions (RHEL 5.2 and Fedora 9) and in three different package bundles: Product, Developer, and Extras.

As reported here,  about 1 month ago I was replaced to the Cell IDE project, and the IDE is one of the great number of SDK’s packages.

Cell and HPC and IBM and Linux and Supercomputing and english19 Jun 2008 12:36 am

Today a new list of the 500 world’s most powerful supercomputers (Top500) was presented at the 23rd International Supercomputing Conference in Dresden, Germany. This list has a particular issue: the petaflops barrier was broken. The responsible by this fact? Roadrunner, the most powerful supercomputer of the world.

Roadrunner, named after the New Mexico state bird, cost about US $100 million, and was designed and build by IBM at Los Alamos National Laboratory to the Department of Energy’s National Nuclear Security Administration. It is the world’s first hybrid supercomputer, designed to Cell Broadband Engine® works with the Opteron® processors from AMD. A few numbers of Roadrunner:

  • connects 6,562 dual-core AMD Opteron® chips as well as 12,240 Cell chips (on IBM Model QS22 blade servers),
  • has 98 terabytes of memory,
  • is housed in 278 refrigerator-sized, IBM BladeCenter® racks occupying 5,200 square feet,
  • has 10,000 connections – both Infiniband and Gigabit Ethernet — that required 55 miles of fiber optic cable,
  • weighs 500,000 lbs.

But other important thing about Roadrunner is its operating system: a Linux version from Red Hat. All the Top10 most powerful supercomputers have Linux. Four of them have only Linux running: #1 Roadrunner (IBM), #4 Ranger (Sun Microsystems), #5 Jaguar (Cray Inc.), #7 Encanto (SGI), #8 EKA (Hewlett-Packard) and #10 Total’s SGI Altix (SGI). The rest of them have a kind of mixed system (Linux+something): #2 BlueGene/L (IBM), #3 Argonne Blue Gene/P Solution (IBM), #6 JUGENE Blue Gene/P Solution (IBM) and #9 IDRIS Blue Gene/P Solution (IBM) have SLES9+CNK.

The number of supercomputers with Linux have increased by the years. From the 500 supercomputers of the last list, 427 have Linux and 40 have a mixed system with Linux (UNICOS/Linux, CNK/SLES 9, UNICOS/SUSE Linux and UNICOS/lc). See the official numbers here. The first time that a supercomputer with Linux appeared in the Top500 list was on June,1998. The development of the Linux usage by the years can be visualized here.

Cell and HPC and IBM and Linux and Supercomputing and portuguese19 Jun 2008 12:35 am

Hoje uma nova lista dos 500 mais poderosos supercompudores do mundo (Top500) foi apresentada na 23a International Supercomputing Conference em Dresden, Alemanha. Esta lista tem um tópico particular: a barreira do petaflop foi quebrada. O responsável por isso? Roadrunner, o supercomputador mais poderoso do mundo.

Roadrunner, nome de uma ave do estado do Novo Mexico nos EUA, custou cerca de 100 milhões de dólares, e foi projetado e construido pela IBM no Laboratório Nacional Los Alamos para a Departamento de Energia. Ele é o primeiro supercomputador híbrido do mundo, projetado para processador Cell Broadband Engine® trabalhar em conjunto com o processador Opteron® da AMD. Alguns números do Roadrunner:

  • conecta 6562 chips dual-core AMD Opteron® bem como 12.240 chips Cell (em servidores blades IBM Modelo QS22),
  • tem 98 terabytes de memória,
  • está em 278 IBM BladeCenter® racks ocupando 483.095 m²t,
  • tem 10.000 conexões – ambas Infiniband e Gigabit Ethernet — que requiseram 88,5 Km de cabos de fibra óptica,
  • pesa cerca de 227 toneladas.

Mas um fato interessante sobre o Roadrunner é seu sistema operacional: uma versão de Linux da Red Hat. Todos os Top10 supercomputadores mais poderosos usam Linux. Quatro deles tem somente Linux: #1 Roadrunner (IBM), #4 Ranger (Sun Microsystems), #5 Jaguar (Cray Inc.), #7 Encanto (SGI), #8 EKA (Hewlett-Packard) e #10 SGI Altix da Total (SGI). O resto possuem um tipo de sistema misto (Linux+alguma coisa): #2 BlueGene/L (IBM), #3 Argonne Blue Gene/P Solution (IBM), #6 JUGENE Blue Gene/P Solution (IBM) e #9 IDRIS Blue Gene/P Solution (IBM) todos com SLES9+CNK.

O número de supercomputadores com Linux tem crescido através dos anos. Dos 500 supercomputadores da última lista, 427 rodam Linux e 40 tem um sistema misto com Linux (UNICOS/Linux, CNK/SLES 9, UNICOS/SUSE Linux and UNICOS/lc). Veja os números oficiais aqui. A primeira vez que um supercomputador com Linux apareceu na lista Top500 foi em Junho de 1998. O crescimento do uso de Linux através dos anos em supercomputadores pode ser visto aqui.

Update: Curiosamente, Roadrunner é nome americano do personagem Papa-Léguas da animação Papa-Léguas e Coiote. Os nomes dos personagens da animação são baseados em nome de animais reais nativos dos desertos do sudoeste americano, o galo-corredor e o coiote.

AMD64 and Debian and Linux and english19 May 2008 09:37 pm

I installed the Debian AMD64 port in my new desktop. But there is a common problem when using a 64 bit system and the Firefox (or Iceweasel) browser: there aren’t plugins to Flash, Java and RealPlayer.

Before search a little bit about how solve this problem, I found some links ([1], [2] and [3]) that explain how to solve the problem. Basically, the articles recommend to use the nspluginwrapper, an Open Source plugin that allows you to use Netscape compatible (NPAPI) plugins on platforms that they were not built on.

[1] http://plugindoc.mozdev.org/linux-amd64.html
[2] http://www.cyberciti.biz/tips/linux-flash-java-realplayer-under-64bit-firefox.html
[3] http://www.debian-administration.org/articles/534

So, I decided to test the installation of the Flash plugin, using the nspluginwrapper. First, I wanted to know if there was the plugin as a DEB package in some of my apt-get repositories (see here my sources.list):

  1. raptor:~# apt-cache search nspluginwrapper
  2. nspluginwrapper - A wrapper to run Netscape plugins on other architectures
  3. raptor:~#

Very good! Better is impossible! So, I installed it and it’s depecencies: ia32-libs, ia32-libs-gtk, lib32gcc1, libc6, libc6-i386, libglib2.0-0, libx11-6, libxt6 and util-linux.

Installing the Flash Player

The next step was download the new Flash Player 10 from here. After the download has completed, I decompress the tarball, and copied the libflashplayer.so file to /usr/lib/mozilla/plugins:

  1. raptor:~# tar -xzvf flashplayer10_install_linux_051508.tar.gz
  2. install_flash_player_10_linux/
  3. install_flash_player_10_linux/libflashplayer.so
  4. install_flash_player_10_linux/flashplayer-installer
  5. raptor:~# cd install_flash_player_10_linux
  6. raptor:~/install_flash_player_10_linux# cp libflashplayer.so /usr/lib/mozilla/plugins/

Once the Flash plugin is in the browser directory, I ran the nspluginwrapper command, and the result was:

  1. raptor:~# cd /usr/lib/mozilla/plugins
  2. raptor:/usr/lib/mozilla/plugins# nspluginwrapper -i /usr/lib/mozilla/plugins/libflashplayer.so
  3. raptor:/usr/lib/mozilla/plugins# ls -ltr
  4. total 11344
  5. -rw-r–r– 1 root root    1067 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in.xpt
  6. -rw-r–r– 1 root root    1067 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-wmp.xpt
  7. -rw-r–r– 1 root root    1067 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-rm.xpt
  8. -rw-r–r– 1 root root    1067 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-qt.xpt
  9. -rw-r–r– 1 root root    1067 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-dvx.xpt
  10. -rw-r–r– 1 root root  286640 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-wmp.so
  11. -rw-r–r– 1 root root  287120 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in.so
  12. -rw-r–r– 1 root root  286640 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-rm.so
  13. -rw-r–r– 1 root root  286640 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-qt.so
  14. -rw-r–r– 1 root root  286640 2007-12-02 13:17 mplayerplug-in-dvx.so
  15. -rw-r–r– 1 root root    5400 2008-04-13 06:15 librhythmbox-itms-detection-plugin.so
  16. lrwxrwxrwx 1 root root      51 2008-05-05 09:06 libtotem-narrowspace-plugin.xpt -> ../../totem/default/libtotem-narrowspace-plugin.xpt
  17. lrwxrwxrwx 1 root root      50 2008-05-05 09:06 libtotem-narrowspace-plugin.so -> ../../totem/default/libtotem-narrowspace-plugin.so
  18. lrwxrwxrwx 1 root root      45 2008-05-05 09:06 libtotem-mully-plugin.xpt -> ../../totem/default/libtotem-mully-plugin.xpt
  19. lrwxrwxrwx 1 root root      44 2008-05-05 09:06 libtotem-mully-plugin.so -> ../../totem/default/libtotem-mully-plugin.so
  20. lrwxrwxrwx 1 root root      43 2008-05-05 09:06 libtotem-gmp-plugin.xpt -> ../../totem/default/libtotem-gmp-plugin.xpt
  21. lrwxrwxrwx 1 root root      42 2008-05-05 09:06 libtotem-gmp-plugin.so -> ../../totem/default/libtotem-gmp-plugin.so
  22. lrwxrwxrwx 1 root root      47 2008-05-05 09:06 libtotem-complex-plugin.xpt -> ../../totem/default/libtotem-complex-plugin.xpt
  23. lrwxrwxrwx 1 root root      46 2008-05-05 09:06 libtotem-complex-plugin.so -> ../../totem/default/libtotem-complex-plugin.so
  24. lrwxrwxrwx 1 root root      45 2008-05-05 09:06 libtotem-basic-plugin.xpt -> ../../totem/default/libtotem-basic-plugin.xpt
  25. lrwxrwxrwx 1 root root      44 2008-05-05 09:06 libtotem-basic-plugin.so -> ../../totem/default/libtotem-basic-plugin.so
  26. -rwxr-xr-x 1 root root 9953520 2008-05-18 16:32 libflashplayer.so
  27. lrwxrwxrwx 1 root root      60 2008-05-18 16:33 npwrapper.libflashplayer.so -> /usr/lib/nspluginwrapper/plugins/npwrapper.libflashplayer.so

After this, I restarted my Iceweasel, and tried to use a page that have flash, and voilá! I have a Flash plugin now! :-D

Debian and Linux and Ubuntu and english28 Apr 2008 10:29 am

About one week ago, I bought a new desktop machine for me. It’s a Intel® Core™2 Duo E4500 with 1Gb of RAM, DVD-RW and 160Gb SATA. The motherboard is a GigaByte™ one with all on-board.

But, the most important thing is that I could install the 64bits (AMD64 port) testing version of Debian, and once the processor has two cores, I can start to learn more about OpenMP and multithreaded programming. I’m writing the steps I used to install the Debian in this machine (AMD64+boot by USB), and it will be available soon.

Other important thing, was about the default operating system that the computer’s shop wanted install in this machine. Here in Brazil, it’s common the computer’s shops installs not original versions of Windows when you buy a new machine. But, in this case, the shop I bought the machine installs by default a version of Ubuntu (I don’t know which one) in all new machines if the customer didn’t buy a Windows license. I thought this a great initiative from them. :-D

GridComputing and IBM and Linux and portuguese03 Apr 2008 03:33 pm

Antes de mais nada, gostaria  de dizer que a procrastinação esta tomando conta de minha vida, tanto que, o Cezar Taurion criou um post antes de mim sobre o mesmo assunto e dica de tecnologia que vou dar, só por causa dela :-D

Agora o assunto real. Nas últimas semana a Dengue tomou conta do Rio de Janeiro. De quem é a culpa? Bem, vou citar aquele velho ditado “Não sei, não quero saber e tenho raiva de quem sabe!”. O que eu sei é que qualquer pessoa que tenha um computador e acesso a internet pode fazer a sua parte e ajudar a, de certa forma, combater a dengue.

Ok, daí você vai me perguntar: “Como isso é possível se não moro no Rio?” Daí eu te respondo: “Doando processamento de sua máquina para a pesquisa Discovering Dengue Drugs-Together.” O projeto tem como principal objetivo de encontrar drogas capazes de combater a Dengue, Hepatite C, Febre Amarela e todas as demais doenças causadas pelo vírus da família Flaviviridae, utilizando uma tecnologia conhecida como computação voluntária ou filantrópica (voluteer computing).

Projetos que necessitem de alto poder de processamento computacional usam a computação voluntária, que utliza conceitos de computação em grade (grid computing), para dividir o processamento em partes menores e distribuí-los para serem processadas em diversos computadores ao redor do mundo quando estão ociosos. O projeto Discovering Dengue Drugs-Together faz parte da iniciativa World Community Grid (WCG), que tem um forte apoio da IBM, e tem como objetivo criar a maior grade computacional para trabalhos em prol da humanidade.

Assim, para fazer a sua parte, acesse o site do WCG, cadastra-se, faça o download da aplicação cliente (existem versões para Linux, MacOS e Windows) e execute-o. No momento do cadastro é possível escolher os projetos no qual você deseja participar: selecione a opção Discovering Dengue Drugs-Together. Para aqules que já possuem o BOINC (aplicativo que o WCG utiliza) instalado na máquina, mas não são cadastrados no WCG, basta se registrar (selecionando os projetos) e adicionar o projeto WCG no seu aplicativo.

Para aqueles que possuem Linux, o website Linux.com lançou dia 31 de Março uma matéria chamada “Using your Linux box for volunteer computing” (Usando sua máquina Linux para computação voluntária) escrito por Peter Enselei, onde são apresentados vários projetos que utilizam computação voluntária para Linux além do BOINC - esse artigo foi o estopim da minha idéia de escrever este post.

Bem! A dica foi dada e você pode fazer parte em prol da humanidade.

Linux and english19 Mar 2008 05:21 pm

The Australian PC World edition created an interesting Quiz about some historical Linux facts. The quiz has 10 questions ans they are very nice to check if you remember dates and name of the companies and persons from the first years of Linux.

I did the quiz, and my score was not good: 60% (for me a good score should be more than 80%).

If you have more than 12 years of Linux usage or think that know all about the Linux history, check your knowledge  here.

Have Fun!